R コマンドメモ

Rで使った、今後もちょくちょく使いそうなコマンドをメモ。自分で使うときに見返すためのメモのため、使い方の中のコマンドには、事前にxやiに適当な変数が代入されていたり、for loop内での使用や直前にグラフの描写がされていることをを想定していたりします。

カテゴリ	説明	コマンド	使い方
作業準備	ワークスペースのオブジェクトをリストに出力	ls()	ls()
	ワークスペース内のオブジェクトを削除	rm(list=ls())	rm(list=ls())
	グラフを消す	graphics.off()	graphics.off()
	作業ディレクトリの表示	getwd()	getwd()
	作業ディレクトリの変更	setwd()	getwd()
データの読み込み	テキストファイルのデータを読み込む	read.table()	read.table("data\\rain.tsv", row.names=1, header=TRUE)
テキスト操作	変数に入っている文字列、変数等をつなぎ合わせる	paste()	paste("Type", x, sep= "-")
	各列に同じ操作を繰りかえし行う.	apply()	apply(x, 2, sd) または apply(x, 2, function(i){         runs.test(as.factor(i < mean(i)))     } )
オブジェクトの確認	代入と同時に値を表示	()	(x <- 3 +5)
	データの最初の部分を確認	head()	head(dataframe)
分析	主成分分析	prcomp()	pc.df <- prcomp(df, scale=TRUE)
	主成分分析結果の表示	summary()	summary(pc.df)
	クラスター分析	hclust()	x <- hclust(x, method="ward") plot(x)
	クラスター分析のデンドログラムを資格で囲む	rect.hclust()	rect.hclust(x, k=i, border=rainbow(i))
グラフ描写	描写画面の分割	par()	par(mfcol=c(2,2))
	レーダーチャートの描写	radarchart()	radarchart(rbind(max=a, min=b), x, maxmin=TRUE)
出力	画像としてグラフを保存	dev.copy()	dev.copy(png,file=paste("out/", i, ".png", sep="")) dev.off()
	テキストファイルに出力	print() sink()	sink(paste("out/", dir, "Summary_", case,".txt", sep="")) print(summary(x)) sink()
	テキストファイルにデータフレームの出力	write.table()	write.table(x, paste("out/", i,".txt", sep=""), append=FALSE, quote=FALSE,row.names=FALSE, sep="\t")
その他	ヘルプを表示	help()	help()

複数のデータを一つのグラフに重ねて描写する場合、軸は繰り返し描写されないよう、最後のデータ描写時に描写する。

for (i in 1:n-1){
    plot(x[i], type="l", col=rainbow(n)[i], ylim=c(a, b), xlab="", ylab="", axes=FALSE)
    par(new="TRUE")
}
plot(x[n], type="l", col=rainbow(n)[n], ylim=c(a, b), xlab="day", ylab="price")

解析を行う場合、その解析が適応できるデータ分布となっているか事前に判定すること。(正規分布を仮定している解析ではないか、独立標本を仮定していないか、など)